持続化補助金の賃金引上げ特例｜150万円上乗せ・補助率3/4の条件

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持続化補助金の賃金引上げ特例｜150万円上乗せ・補助率3/4の条件

従業員1人あたり給与支給総額を年平均3.0％以上増加させる必要があります。申請前に要件・書類・リスクを整理しましょう。

【2026年6月3日更新】

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者が販路開拓や業務効率化に取り組む際に活用できる補助金です。通常枠では補助上限額は原則50万円、補助率は原則3分の2とされていますが、一定の要件を満たす場合には補助上限額が上乗せされる特例があります。その一つが「賃金引上げ特例」です。

賃金引上げ特例を活用すると、通常枠の補助上限50万円に加えて150万円が上乗せされる可能性があります。また、赤字要件を満たす事業者については補助率が3分の2から4分の3に引き上げられる場合があり、従業員を雇用しながら今後の賃上げを計画している小規模事業者にとって重要な特例です。

一方で、賃金引上げ特例は「従業員の給料を少し上げる予定がある」というだけで利用できる制度ではありません。従業員1人あたり給与支給総額の増加率、比較対象期間、対象となる従業員の範囲、賃金台帳や雇用条件書類の提出、実績報告時の達成確認など、細かな要件が定められています。要件を満たせなかった場合には、特例による上乗せ部分だけでなく補助金全体が交付されない可能性があります。

この記事では、小規模事業者持続化補助金の賃金引上げ特例について、150万円上乗せの条件、赤字事業者の補助率4分の3の要件、必要書類、申請時の注意点を行政書士がわかりやすく解説します。

賃金引上げ特例とは、従業員の賃上げに取り組む小規模事業者に対して、補助上限額を上乗せする制度です。最低賃金の引上げや物価高騰、人材確保の難しさなどを背景に、小規模事業者にも継続的な賃上げへの対応が求められています。しかし、小規模事業者にとって賃上げは簡単な判断ではなく、売上が安定しない中で人件費を引き上げることは資金繰りや利益率に影響します。そこで、販路開拓や業務効率化に取り組みながら従業員への還元を行う事業者を支援するために設けられているのが、賃金引上げ特例です。

この特例を活用できる場合、通常枠の補助上限50万円に対して150万円の上乗せが認められ、補助上限が最大200万円になる可能性があります。さらに、インボイス特例と併用できる場合には、通常枠50万円、インボイス特例50万円、賃金引上げ特例150万円を合わせて、最大250万円まで補助上限が拡大する場合があります。

ただし、賃金引上げ特例は他の上乗せ制度と比べても要件確認が重要です。特例を選択した後に要件未達となると、補助金の交付に大きな影響が出る可能性があるため、申請前に慎重に判断する必要があります。

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第20回公募の一般型通常枠では、補助上限額は原則50万円です。これに対し、賃金引上げ特例の対象となる場合、150万円が上乗せされます。そのため、賃金引上げ特例を利用した場合の補助上限額は、通常枠と合わせて最大200万円となります。

通常枠のみの場合

通常枠のみの場合、補助上限額は50万円、補助率は原則3分の2です。たとえば、補助対象経費が75万円であればその3分の2にあたる50万円が補助額の目安となります。補助対象経費が150万円であっても、通常枠のみであれば補助上限は50万円です。

賃金引上げ特例を利用する場合

賃金引上げ特例を利用できる場合、通常枠50万円に150万円が上乗せされ、補助上限額は最大200万円になります。たとえば、補助対象経費が300万円で補助率3分の2が適用される場合、補助額の計算上は200万円となります。通常枠だけであれば50万円が上限ですが、賃金引上げ特例を利用できれば最大200万円まで補助対象となる可能性があります。

インボイス特例と併用する場合

インボイス特例の要件も満たす場合には、さらに50万円が上乗せされ、通常枠50万円、インボイス特例50万円、賃金引上げ特例150万円を合わせて、補助上限額は最大250万円となります。ただし、賃金引上げ特例とインボイス特例を併用する場合、それぞれの要件をすべて満たす必要があります。いずれか一つでも要件を満たさない場合、補助金の交付に影響する可能性があるため、併用を検討する際は特に慎重な確認が必要です。

賃金引上げ特例の基本要件は、従業員1人あたり給与支給総額を年平均3.0％以上増加させることです。具体的には、補助事業実施期限日を終点とした連続する12か月と、その前年同月の12か月を比較します。第20回公募では補助事業実施期限日が2028年3月31日とされているため、賃金引上げ特例を利用する場合は補助事業終了予定日を2028年3月31日に設定する必要があります。

比較対象となる期間

賃金引上げ特例では、単月の給与額ではなく連続する12か月分の給与支給総額を比較します。一時的に給与を増やしただけでは要件を満たすとは限りません。12か月間を通じて従業員1人あたり給与支給総額が年平均3.0％以上増加している必要があるため、「来月だけ給与を上げる予定がある」という程度では不十分です。補助事業終了までの期間を見据えて、継続的に賃上げを実施できるかを確認する必要があります。

従業員1人あたり給与支給総額とは

賃金引上げ特例で確認されるのは従業員1人あたり給与支給総額です。給与支給総額には給料・賃金・残業代・賞与などが含まれますが、福利厚生費・法定福利費・退職金などは含まれません。また従業員数で割って1人あたりの給与支給総額を算出するため、会社全体の給与総額が増えたかどうかだけを見るわけではありません。従業員数が増えたことにより給与総額が増えても1人あたりで見ると増加率が3.0％に届かない可能性があり、逆に従業員数が減少した場合や対象期間中に退職者が出た場合は算定対象となる従業員の扱いに注意が必要です。

賃金引上げ特例では、従業員の考え方が通常の小規模事業者要件と異なります。小規模事業者に該当するかどうかを判断する際の「常時使用する従業員」と、賃金引上げ特例で給与支給総額を算出する際の「従業員」は同じではありません。この点を混同すると要件判定を誤る可能性があります。

代表者・役員・専従者は含まれない

賃金引上げ特例における従業員には非常勤の従業員も含まれますが、代表者・役員・専従者は含まれません。個人事業主本人や法人の代表取締役、役員報酬を受けている役員、青色事業専従者などは算定対象に含まれません。小規模な事業者では家族従業員や役員が中心となって事業を行っているケースもあるため、算定対象となる従業員が存在するかを慎重に確認する必要があります。

全月分の給与支給を受けた従業員が対象

賃金引上げの比較対象期間において、各期間で全月分の給与等の支給を受けた従業員が算定対象となります。中途採用や退職などにより、いずれかの期間で全月分の給与支給を受けていない従業員は算定対象から除外されます。申請時点では従業員がいて要件を満たす見込みであっても、実績報告時までに従業員が退職して1人あたり給与支給総額の上昇率を算出できなくなる場合があります。従業員数が少ない事業者ほど1人の退職が要件達成に大きく影響するため、現在の従業員数だけでなく今後の雇用継続の見込みも確認する必要があります。

パートタイム従業員の扱い

パートタイム従業員については、正社員の就業時間に換算して人数を算出します。たとえば、正社員の就業時間が1日7時間・週35時間である事業者において、1日3時間・週15時間勤務のパートタイム従業員がいる場合は正社員換算で計算することになります。パート従業員が多い事業者では単純な人数ではなく就業時間を踏まえた換算が必要なため、賃金台帳だけでなく雇用契約書や労働条件通知書など所定労働時間が確認できる資料を整理しておきましょう。

賃金引上げ特例に取り組む事業者のうち、一定の赤字要件を満たす場合には、補助率が3分の2から4分の3に引き上げられます。通常、持続化補助金の補助率は3分の2ですが、赤字事業者に該当する場合には補助率が4分の3となります。たとえば補助対象経費が200万円の場合、補助率3分の2であれば補助額の計算上は約133万円ですが、補助率4分の3であれば150万円となります。補助対象経費の規模によっては補助率の違いが自己負担額に大きく影響します。

赤字事業者に該当する条件

赤字事業者として補助率4分の3の適用を受けるためには、直近1期または直近1年間の課税所得金額がゼロ以下である必要があります。法人の場合は直近1期分の法人税申告書の別表一・別表四の「所得金額又は欠損金額」欄で、個人事業主の場合は直近1年間の確定申告書第一表の「課税される所得金額」欄で確認します。単に「資金繰りが苦しい」「利益が少ない」というだけでは赤字事業者に該当するとは限らず、公募要領上の赤字要件は税務申告書上の金額をもとに判断されます。赤字事業者として申請する場合は確定申告書や法人税申告書を確認し、要件に該当するかを事前に把握しておく必要があります。

赤字賃上げ加点も適用される

賃金引上げ特例の赤字事業者として申請する場合、赤字賃上げ加点が自動的に適用されます。また、賃金引上げ特例を希望した場合、賃上げ加点も自動的に適用されます。ただし、加点があるからといって必ず採択されるわけではありません。事業計画の内容、販路開拓の具体性、売上・利益増加の見込み、経費の妥当性なども審査されるため、加点の有無に関わらず計画内容を丁寧に作成することが重要です。

賃金引上げ特例を希望する場合、申請情報入力画面で「賃金引上げ特例の希望」を選択します。また、宣誓・同意画面に表示される「賃金引上げ特例・賃金引上げ加点の申請に係る誓約・同意書（様式7）」を確認し、該当箇所にチェックします。申請時点では将来の賃上げを実施する計画として申請することになりますが、採択後や実績報告時には実際に要件を満たしているかが確認されます。申請時のチェックは形式的な作業ではなく、将来の達成義務を理解したうえで行う必要があります。

赤字事業者として申請する場合の追加手続

赤字事業者として補助率4分の3を希望する場合は、通常の賃金引上げ特例の手続に加えて、赤字であることを示す書類が必要です。法人の場合は直近1期に税務署へ提出した法人税申告書の別表一・別表四の写しを、個人事業主の場合は直近1年に税務署へ提出した確定申告書第一表の写しを提出します。赤字要件は感覚的な赤字ではなく申告書上の課税所得金額で確認されるため、申請前に必ず税務申告書を確認しておきましょう。

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賃金引上げ特例では、採択後から交付決定までの間にも必要な手続があります。採択された後、給与支給総額基準値算出表の画面において、1人あたり給与支給総額基準値の算定に必要な情報（給与支給総額・従業員数など）を入力し、1人あたり給与支給総額目標値を設定します。また、賃金引上げ計画の表明書を確認し、該当箇所にチェックします。

さらに、以下の書類の提出が必要です。

• 採択発表日の属する月を終点とした連続する12か月分の賃金台帳の写し
• 雇用条件が記載された書類の写し（雇用契約書・労働条件通知書など）

雇用条件が記載された書類では1日の所定労働時間や年間休日が確認できることが重要です。賃金台帳や雇用契約書は日頃から整備されていないと採択後に慌てて準備することになります。特に小規模事業者では労務書類の整備が十分でないケースもあるため、賃金引上げ特例を検討している場合は申請前の段階で賃金台帳や雇用条件書類を確認しておくことをおすすめします。

賃金引上げ特例では、実績報告時にも要件達成を証明する書類が必要です。実績報告時には、補助事業実施期限日を終点とした連続する12か月分の賃金台帳の写し、および賃金引上げ後の雇用条件が記載された書類の写しを提出します。申請時や採択後に計画した賃上げが実際に達成されているかどうかが書類で確認されます。

実績報告時に未達だと補助金が交付されない可能性がある

賃金引上げ特例を希望した場合、通常枠と賃金引上げ特例の要件を一つでも満たさない場合、補助金は交付されません。これは特例による上乗せ部分だけが交付されないという意味ではなく、全体が交付対象外となる可能性がある点に注意が必要です。賃金引上げ特例は「採択されやすくなりそうだから選ぶ」という考え方では危険です。実際に賃上げを行い12か月間の比較で3.0％以上増加させる見込みがあるか、対象従業員が継続して在籍するか、賃金台帳などの証拠書類を提出できるかを事前に確認しておく必要があります。

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賃金引上げ特例は補助上限額が大きくなる魅力的な制度ですが、すべての事業者におすすめできるわけではありません。次の点を確認したうえで、利用すべきか判断しましょう。

従業員が継続して在籍する見込みがあるか

賃金引上げ特例では、対象となる従業員について給与支給総額の比較が必要です。従業員数が少ない場合、1人の退職や勤務時間の変更が要件達成に大きく影響します。申請時点では要件を満たす見込みがあっても、実績報告時までに従業員が退職する等により算定できなくなった場合、補助金が交付されない可能性があります。

3.0％以上の賃上げを無理なく継続できるか

賃上げは一時的な支出ではなく将来の人件費負担にも影響します。補助金を受けるためだけに無理な賃上げ計画を立てると補助事業終了後の経営に負担が残る可能性があります。賃金引上げ特例を利用する場合は、販路開拓による売上増加や業務効率化による利益改善と賃上げの原資を結びつけて考え、事業計画上も「なぜ賃上げが可能なのか」「どのように売上・利益を伸ばして賃上げを継続するのか」を説明できるようにしておくべきです。

賃金台帳や雇用契約書を整備できているか

賃金引上げ特例では賃金台帳や雇用条件が記載された書類の提出が必要です。これらの書類が不十分な場合、要件確認ができず手続が進まない可能性があります。日頃から賃金台帳を適切に作成しているか、雇用契約書や労働条件通知書に所定労働時間や年間休日が記載されているかを確認し、不備がある場合は申請前に整備しておくことが重要です。

補助対象経費の規模が大きいか

賃金引上げ特例は補助上限額を150万円上乗せする制度ですが、補助対象経費の規模が小さい場合は上乗せのメリットを十分に活用できないことがあります。補助対象経費が75万円程度であれば通常枠の補助上限50万円で足りる可能性がある一方、補助対象経費が300万円程度ある場合には補助率3分の2で200万円となるため、賃金引上げ特例を活用するメリットが大きくなります。まずは補助事業としてどの程度の経費を計上するのかを整理し、賃金引上げ特例を使う実益があるかを確認しましょう。

少し賃上げすればよいわけではない

賃金引上げ特例では従業員1人あたり給与支給総額を年平均3.0％以上増加させる必要があります。単に時給を少し上げた、賞与を一度支給した、残業代が増えたというだけでは要件を満たすとは限りません。12か月間の比較で1人あたり給与支給総額が3.0％以上増加している必要があります。

採択された後でも要件未達なら問題になる

賃金引上げ特例は申請時に選択して採択されたら終わりではありません。採択後・交付決定前の手続や実績報告時の確認があり、最終的に要件を満たしていない場合は補助金が交付されない可能性があります。採択されたことと、賃金引上げ特例の要件を最終的に満たしたことは別の問題です。

赤字なら自動的に補助率4分の3になるわけではない

赤字事業者として補助率4分の3の適用を受けるには、賃金引上げ特例に取り組むことが前提であり、公募要領で定められた赤字要件を満たし必要書類を提出する必要があります。単に資金繰りが苦しい、売上が下がったというだけでは要件を満たすとは限りません。法人税申告書や確定申告書上の課税所得金額を確認することが必要です。

賃金引上げ特例は補助上限額が大きくなる一方で、要件管理が難しい特例です。申請時点だけでなく、採択後・交付決定前・実績報告時まで見据えて準備しなければなりません。行政書士に相談することで、次のような点を整理しやすくなります。

• 通常枠の補助対象者に該当するか
• 賃金引上げ特例を選択すべきか
• 補助対象経費の規模と上乗せの必要性
• 申請時に必要な書類
• 赤字事業者の追加要件に該当するか
• 事業計画と賃上げ計画の整合性
• 様式4の発行依頼や電子申請のスケジュール

ただし、賃金台帳・雇用契約書・給与計算・社会保険・税務上の所得判定などについては、必要に応じて社会保険労務士や税理士と連携して確認することも重要です。補助金申請では制度の要件を満たすことだけでなく、事業計画として説得力があることも大切です。賃金引上げ特例を活用する場合は、単に補助上限額を増やすのではなく、販路開拓による売上増加と従業員への還元を結びつけた計画を作成する必要があります。

持続化補助金の賃金引上げ特例は、従業員の賃上げに取り組む小規模事業者について補助上限額を150万円上乗せできる制度です。通常枠の補助上限50万円に賃金引上げ特例の150万円が加わることで最大200万円まで補助上限が拡大する可能性があります。また、直近1期または直近1年間の課税所得金額がゼロ以下である赤字事業者については補助率が3分の2から4分の3に引き上げられる場合があります。

一方で、賃金引上げ特例は要件が厳しく、実績報告時までに従業員1人あたり給与支給総額を年平均3.0％以上増加させる必要があります。申請時点では達成できる見込みがあっても、従業員の退職・勤務条件の変更・給与支給状況の変動によって要件を満たせなくなる可能性があります。

賃金引上げ特例を検討する場合は、次の点を確認しておきましょう。

• 従業員1人あたり給与支給総額を3.0％以上増加できるか
• 対象となる従業員が継続して在籍する見込みがあるか
• 賃金台帳や雇用契約書などの書類を準備できるか
• 赤字事業者として補助率4分の3の対象になるか
• 補助対象経費の規模から見て、特例を使う実益があるか
• 販路開拓による売上増加と賃上げ計画に整合性があるか

• 「賃金引上げ特例を選択すべきかわからない」
• 「赤字事業者として補助率4分の3の対象になるか確認したい」
• 「賃金台帳や必要書類の準備に不安がある」
• 「事業計画と賃上げ計画をどのように整理すればよいかわからない」

このような場合は、早めに専門家へ相談し、申請内容とスケジュールを整理しておきましょう。

この記事の執筆者

行政書士古森 洋平

銀行・投資銀行での法人向け実務経験を経て、行政書士として従事。
正確性とスピードを重視し、申請から実績報告まで一貫支援します。

行政書士MSc基本情報技術者

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